Líneas de Investigación

Durante mi carrera científica he conversado principalmente con dos líneas de investigación que han concurrido en mi proyecto de desarrollo e interés académico. Por una parte, junto al Dr. Herman Silva (UChile), Dra. Lee Meisel (UChile), Dra. Karina Ruiz (UAP), Dra. Nathalie Kuhn (UC Valparaíso), Dra. Talía del Pozo (UMayor), Dra. Giovanna Sotil (UNMSM, Perú), entre otros, he explorado distintos fenómenos biológicos que se asocian a problemas de producción y postcosecha en frutales, otras plantas de interés económico y también en peces. Estos trabajos han incluido el estudio de la respuesta transcriptómica de distintas especies ante estrés hídrico y/o salino, aplicación de hormonas, déficit de nutrientes, entre otros, y a problemas de postcosecha como la partidura en cereza y ablandamiento de duraznos. Los modelos estudiados han sido durazno, cereza, ciruela, papaya, frutilla, vid, zanahoria, quinoa, salmón, congrio y lenguado. Por otro lado, junto al Dr. Mauricio González (UChile), Dra. Dinka Mandakovic (UMayor), Dr. Francisco Cubillos (USACH), Dr. Gil Eshel (NYU, USA), Dra. Giovanna Sotil (UNMSM, Perú), y Dra. Patricia Águila (UAustral), entre otros, he explorado las propiedades taxonómicas y funcionales de comunidades microbianas (bacterias y hongos) que crecen en zonas extremas de Chile y Perú, su ecología a distintas escalas y las posibles interacciones con la flora de dichas zonas. La hipótesis de trabajo ha sido que estas comunidades microbianas son un factor favorable, quizás esencial, para el establecimiento vegetacional en zonas de déficit nutricional y condiciones ambientales extremas. Son estas dos líneas de investigación las que confluyen en mi línea de investigación principal en la cual busco establecer un vínculo funcional entre el género de plantas nativas Hoffmannseggia y su microbioma. Hoffmannseggia doellii y Hoffmannseggia prostrata son leguminosas (familia fabaceae) que crecen en el sector del Desierto de Atacama bajo condiciones de considerable déficit nutricional y condiciones climáticas adversas para la mayoría de las plantas. Durante mi actual postdoctorado, he identificado elementos de microbioma rizosférico distintivo creciendo bajo estas especies respecto del suelo desnudo y respecto de otras especies que crecen en la zona. Actualmente investigo en laboratorio si estas plantas pueden modular el microbioma del suelo a condiciones favorables y busco comprender la razón de esta selección bajo la hipótesis que este microbioma contiene elementos funcionales favorables o potenciadores para el desarrollo de la planta. Con mi trabajo espero aportar a entender los roles ecológicos que subyacen al establecimiento vegetacional en condiciones extremas, y extender este conocimiento hacia aplicaciones agronómicas que beneficien el cultivo de leguminosas ante un escenario de cambio climático, una familia de destacada importancia económica y cultural.

Situación Actual

Me encuentro trabajando como Profesor Asistente en el Departamento de Biología, Facultad de Química y Biología, de la Universidad de Santiago de Chile. Además formo parte del Instituto Milenio de Biología Integrativa (iBio). Mi interés es investigar in vitro la respuesta de la planta nativa Hoffmannseggia doellii y Hoffmannseggia prostrata a los cambios en la disponibilidad de nitrógeno y el papel que desempeña en este proceso la comunidad de microoganismos asociados a la planta. Esta respuesta la estoy evaluando transcripcionalmente en la planta, mientras que en el microbioma íntimamente asociado a la raíz (rizosfera), lo estoy evaluando de forma taxonómica y funcional. Además, mantengo vínculo de investigación con el Centro de Regulación del Genoma (CGR), un Centro de Excelencia fundado por el programa FONDAP de CONICYT. Con colaboradores del CRG estoy probando y definiendo nuevos métodos bioinformáticos para obtener y comparar genomas bacterianos desde muestras metagenómicas de suelo del Desierto de Atacama. El objetivo es contribuir al conocimiento de la relación entre ambientes extremos y sus comunidades procariontes y eucariontes que las habitan. Realizo ensambles de lecturas de DNA/RNA y efectúo anotación funcional de datos que provienen desde plataformas 454, Illumina, Ion Torrent y PacBio para luego realizar distintos tipos de análisis. Lo más habitual es el análisis de expresión diferencial de genes para distinguir patrones entre estados de desarrollo y/o tratamientos experimentales.
Mi rol como investigador y académico es liderar proyectos de investigación en biotecnología vegetal con énfasis en análisis ómicos y bioinformáticos y, a la vez, desarrollar y mantener la infraestructura necesaria para el correcto funcionamiento de una unidad de bioinformática. En lo referente al análisis de datos, me he especializado en la técnica del análisis de expresión diferencial de genes como herramienta para la búsqueda de marcadores moleculares relacionados con problemas de pre y post cosecha. Gracias a ello, con colaboradores de la UChile, hemos realizado diferentes publicaciones científicas de alto impacto tanto en el área vegetal como en el área acuícola.

Experiencia en proyectos

Con más de 10 años trabajando en biotecnología vegetal y bioinformática he aprendido a planificar y ejecutar proyectos colaborativos nacionales e internacionales FONDECYT, CORFO, FONDAP, FIA y Núcleos Milenio. He estado a cargo de grupos de bioinformática donde he organizado y también he sido invitado a colaborar en cursos de difusión y especialización en herramientas bioinformáticas. He co-tutoriado y colaborado en tesis de postgrado y pregrado relacionadas con Ciencias Biológicas o Biotecnología las cuales han sido publicadas en importantes revistas. En lo personal, poseo una gran motivación por ayudar resolviendo problemas. Lo anterior, aplicado al ámbito laboral, me ha llevado a aprender de software, hardware y redes para prestar soporte en todo el espectro técnico de esta disciplina. Mi formación como Ingeniero en Biotecnología Molecular y como Doctor en Ciencias, además de darme un amplio conocimiento en áreas biológicas y de la ingeniería, también me han permitido direccionar mi pasión por la informática hacia un camino de aplicación que encuentro apasionante: la bioinformática. Tengo habilidades para comunicar avances y logros mediante reportes las cuales han contribuido a diferentes presentaciones y publicaciones de alto impacto. La experiencia de colaboración internacional, asistencia a congresos y escritura de artículos en inglés me han permitido aprender y practicar el idioma pudiendo comunicarme con relativa fluidez tanto en lo escrito como en lo oral.

Resumen Académico

Enero 2017: Doctor en Ciencias mención Biología Molecular, Celular y Neurociencias de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Chile con distinción máxima. Mi tesis se tituló “Reconstrucción de genomas de bacterias del suelo mediante análisis de cambios de abundancia entre dos condiciones de pH para evidenciar mecanismos de adaptación a pH taxa-específicos”. Fue dirigida por el Dr. Mauricio González del Centro de Bioinformática y Expresión Génica, parte del Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos (INTA), Universidad de Chile.

Marzo 2010: Titulado como Ingeniero en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile luego de defender la tesis titulada “Identificación de rutas metabólicas involucradas en la síntesis de compuestos con propiedades aromáticas en Fragaria chiloensis”.

Agosto 2008: Licenciado en Biotecnología Molecular, Fac. de Ciencias, Universidad de Chile.

Marzo 2003: Ingreso a la carrera Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile.

Diciembre 1999: Graduado de educación media con honores en el Liceo de Aplicación, Santiago, Chile

Participación en proyectos

2023-2026: Co-Investigador en proyecto ANID-FONDECYT N° 1231491 titulado: “Temporal Network Analysis of Sweet Cherry Fruit Ripening: using plant growth regulators to unravel the cross-talk between developmental and environmental cues”. Investigador responsable: Dra. Lee Meisel.

2023-2026: Colaborador en proyecto FIA PYT-2023-0671 titulado: “Desarrollo, validación e implementación de una técnica eficiente de identificación para Cytospora y Pseudomona en cerezo”. Investigador responsable: Dra. Talía del Pozo.

2022-2024: Colaborador en proyecto ANID-FONDECYT de Iniciación N°11221186 titulado: “Participation of the auxin-gibberellin negative regulatory module during the fruit ripening initiation in the non-climacteric sweet cherry: Towards a seed-fruit interaction multiscale model”. Investigador responsable: Dra. Nathalie Kuhn.

2022-2024: Investigador principal en proyecto Subvención a la Instalación en la Academia (SIA) SA77210103 con título: "Fortalecimiento de la investigación y docencia del Doctorado en Biotecnología de la Facultad de Química y Biología de la Universidad de Santiago de Chile, con énfasis en el área Vegetal y en la colaboración científico‐académica a través de ómicas".

2019-2021: Investigador responsable de proyecto ANID-FONDECYT Postdoctorado N°3190194, con título: “Contribución del microbioma rizosférico a la tolerancia de Hoffmannseggia doellii ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno”. Institución patrocinante: Pontificia Universidad Católica de Chile. Investigador patrocinante: Dr. Rodrigo Gutiérrez del Laboratorio de Biología de Sistemas de Plantas.

2018-2019: Postdoc del Centro de Excelencia FONDAP N°15090007 “Centro de Regulación del Genoma (CRG)”, desarrollado en el Laboratorio de Bioinformática y Expresión Génica, INTA, Universidad de Chile. Investigador responsable: Dr. Mauricio González.

2013-2018: Asistente de investigación en proyecto FONDAP N°15090007 “Centro de Regulación del Genoma (CRG)”. Investigador responsable: Dr. Mauricio González.

2015-2019: Asistente de investigación en proyecto FONDECYT N°1151384 “Metal metabolism in soil bacterial communities from an extreme environment => a comparative genomics analysis”. Investigador responsable: Dr. Mauricio González.

2016-2020: Asistente de investigación en proyecto FONDECYT N°1160600 “Characterization of fruit development and identification of potential bioactives compounds in plums, peach and sweet cherry through conventional breeding and molecular techniques”. Investigador responsable: Dr. Herman Silva.

2012-2016: Asistente de investigación en proyecto FONDECYT N°1120261 “Functional genomics approach to understand cracking susceptibility in sweet cherry => an integrative view for prunus species”. Investigador responsable: Dr. Herman Silva.