Un espacio para Ciencia y Bioinformática
Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de funcionalidad. Esta guía también te sirve para secuencias llumina pues realizo una comparación de ambas técnicas.. No es una guía de conceptos y procedimientos Sólo son los comandos con algunas explicaciones útiles para quienes saben del tema o […]
Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding) utilizando Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) […]
¿Necesitas obtener los genomas (ensambles) de todas las especies asociadas a algún taxid (cualquier nivel taxonómico)?, este es tu post. Primero es necesario tener el taxid que nos interesa. En este caso usaré el taxid de una familia de virus llamada Birnaviridae. Si seguimos este link, veremos que a la fecha existen 23 ensambles asociados […]
Hace unos días me compartieron unos audios en formato WEBM, los cuales puedo abrir con el reproductor Media Player Classic pero no con mi reproductor favorito Winamp o en otros dispositivos electrónicos. En resumen, necesitaba transformar WEBM a MP3. Revisé en internet y existen distintos programas gratuitos que ofrecen realizar el trabajo pero no me […]
Has ejecutado un comando en linux (bash) y quieres ejecutar otro comando usando el "argumento" del comando anterior, acá te dejo algunos trucos. La mejor respuesta tomada desde este link. Most likely you'd want to go in the recently created directory. You can do this using next "shortcuts": cd Esc. - type cd and after press Esc followed by . (not in the […]
Existen variadas herramientas para realizar una "predicción funcional" a partir de amplicones r16S o ITS. En esta página dejaré instrucciones y comandos para las herramientas que uso habitualmente. Para continuar requiero que tengas OTUs o ASVs con su respectiva identificación taxonómica y una tabla de conteo del número de reads por para cada OTU/ASV en […]
Estos son algunos TIPs para manipular archivos fastq Concatenar por ID El comando "paste" permite "contatenar" el contenido del fastq de cada ID en una sola línea, es decir, las cuatro líneas de cada ID quedarán "unidas" en una sola línea, separadas por tabulador. Obtener lista de IDs Usando el comando "paste", junto con otros […]
Para realizar un análisis de enriquecimiento funcional necesitamos en muchos casos un archivo GAF (por ejemplo en ontologizer). Acá te explico la forma de obtenerlo si cuentas con la anotación GO de tus genes. 1. ¿Qué es un archivo GAF? El archivo GAF (Gene Association File) es una forma de almacenar la información de anotación funcional de […]
Mi lista de imprescindibles que completaré día a día Cluster: Windows & Tab manager extention for Chrome Grammarly STAMP for microbiome and functional analysis Cytoscape (java problem? Direct the Cytoscape installer to uncompressing folder of jdk-11.0.12_windows-x64_bin.zip java (other link))
Estos son mis TIPs para situaciones de alineamiento múltiple de secuencias Orientación de secuencias Algo extremadamente impotante a la hora de realizar un alineamiento múltiple es que todas las secuencias estén en la misma orientación. Cuando son 2 a 3 secuencias, la dirección se puede "ajustar" de forma manual mediante un alineamiento con blast (align2seqs) […]
Español
English
Français
Deutsch
Português
Slovenčina
Русский
简体中文