fastq - MALDONADO LAB

Tips para procesar archivo fastq

7 de noviembre de 2021 at 16:09 (last edited 7 de noviembre de 2021 at 16:31)

Estos son algunos TIPs para manipular archivos fastq Concatenar por ID El comando "paste" permite "contatenar" el contenido del fastq de cada ID en una sola línea, es decir, las cuatro líneas de cada ID quedarán "unidas" en una sola línea, separadas por tabulador. Obtener lista de IDs Usando el comando "paste", junto con otros […]

Procesar .fasta .qual .fastq y obtener un archivo por cada ID

334 Jonathan Maldonado

1 de julio de 2021 at 17:46 (last edited 29 de mayo de 2026 at 00:15)

Algunos TIPs para procesamiento de secuencias Mezclar .fasta y .qual en un archivo .fastq Separar fastq en .fasta y .qual Separar .fastq en varios archivos .fastq según IDs únicos paso3 paso4

Programas/scripts recomendados para trabajo con secuencias

173 Jonathan Maldonado

3 de mayo de 2021 at 10:58 (last edited 4 de mayo de 2021 at 15:16)

Cada herramienta que recomiendo en este post tiene su propio sitio web con explicaciones de instalación y uso, asi que sólo me remitiré a dar lainformación general con algunos comandos de ejemplos y Uds podrás revisar los links para los detalles. seqtk Permite convertir FASTQ a FASTA, reverso complementar, extraer secuencias usando archivo con IDs, […]