Estos son algunos TIPs para manipular archivos fastq

Concatenar por ID

El comando "paste" permite "contatenar" el contenido del fastq de cada ID en una sola línea, es decir, las cuatro líneas de cada ID quedarán "unidas" en una sola línea, separadas por tabulador.

cat archivo.fastq | paste - - - - 

Obtener lista de IDs

Usando el comando "paste", junto con otros comandos de linux, podemos obtener rápidamente una lista de los IDs del fastq

cat archivo.fastq | paste - - - - | sed -e 's/\t.*//' -e 's/^@//' > archivo.fastq.ids

Obtener lista de IDs ordenada alfabéticamente y contando repeticiones

Lo mismo de antes pero ordenando los IDs y contándolos

cat archivo.fastq | paste - - - - | sed -e 's/\t.*//' -e 's/^@//' | sort | uniq -c > archivo.fastq.count_ids

Ordenar alfabéticamente (según ID) un archivo fastq

Acá nos valemos del comando sort para

cat archivo.fastq | paste - - - - | sort -k1,1 -S 3G \ | tr '\t' '\n' \ > sorted.archivo.fastq

#If you want xxxx.10 to come after xxxx.2, use the --V/--version-sort option in the sort command.

Editar todos los IDs usando un patrón regular

En este caso, voy a eliminar todo lo que esté a la derecha de la aparición de "::". De esta for a me quedo con los IDs "limpios".
Es interesante que sed tiene la capacidad de actuar en ciclo, simplemente estableciendo el patrón para cada ciclo. En este caso cada ciclo tiene cuatro líneas (formato fastq) y por ello tenemos cuatro espacios separados por punto y coma y para imprimir las lineas simplemente escribimos una "n". La primera línea del ciclo es la que vamosa "editar" por lo cual, en vez de escribir una "n", vamos a escribir el patrón regular deseado. Desde luego, si queremos editar otra línea del ciclo basta con reemplazar la "n" correspondiente por el patrón regular que queramos.

sed 's/::.*// ; n ; n ; n' archivo.fastq > farchivo.rename.fastq