Un espacio para Ciencia y Bioinformática
Pipelines que hemos probado en nuestras aventuras bioinformáticas.
Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de funcionalidad. Esta guía también te sirve para secuencias llumina pues realizo una comparación de ambas técnicas.. No es una guía de conceptos y procedimientos Sólo son los comandos con algunas explicaciones útiles para quienes saben del tema o […]
Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding) utilizando Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) […]
Existen variadas herramientas para realizar una "predicción funcional" a partir de amplicones r16S o ITS. En esta página dejaré instrucciones y comandos para las herramientas que uso habitualmente. Para continuar requiero que tengas OTUs o ASVs con su respectiva identificación taxonómica y una tabla de conteo del número de reads por para cada OTU/ASV en […]
Tienes secuencias unidas (joined or extended, MrDNA, BGI) provenientes de reads forward y reverse de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. […]
SITUACIÓN DONDE ESTA GUÍA ES ÚTIL: Tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Dada2 en Qiime2. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones de […]
SITUACIÓN DONDE ESTA GUÍA ES ÚTIL: Tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones ITS (ITS metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Dada2 en Qiime2. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones r16S, […]
Es posible tener Linux en Windows gracias a un "subsistema" desarrollado por Windows denominado WSL. Esto significa que, mientras estás usando Windows, podrás ejecutar una terminal de comandos de Linux integrada a Windows. De esta forma, podrás ejecutar comandos de Linux e incluso programas con interfaz gráfica cómodamente en Windows, accediendo a tus archivos de […]
¿Tienes un ensamble de genoma bacteriano y te gustaría representarlo como un genoma circular? Yo he utilizado DNAplotter, una herramienta java (multiplataforma) del Instituto Sanger bastante versátil y potente. I. Pasos previos alternativos: Si el genoma está fragmentado recomiendo ordenarlo por sesgo de GC y por tamaño de los scaffolds siguiendo el siguiente pipeline: En […]
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