taxonomy - MALDONADO LAB

Metagenoma Nanopore: Guía de comandos para análisis funcional

4 de septiembre de 2024 at 18:00 (last edited 5 de septiembre de 2024 at 20:06)

Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de funcionalidad. Esta guía también te sirve para secuencias llumina pues realizo una comparación de ambas técnicas.. No es una guía de conceptos y procedimientos Sólo son los comandos con algunas explicaciones útiles para quienes saben del tema o […]

Qiime2-r16S: Guía de comandos Nanopore (Vsearch)

620 Jonathan Maldonado

2 de septiembre de 2024 at 21:17 (last edited 15 de junio de 2025 at 20:22)

Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding) utilizando Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) […]

NCBI taxonomy ID (any level) to genomes (assemblies)

485 Jonathan Maldonado

29 de julio de 2022 at 14:14 (last edited 29 de julio de 2022 at 14:15)

¿Necesitas obtener los genomas (ensambles) de todas las especies asociadas a algún taxid (cualquier nivel taxonómico)?, este es tu post. Primero es necesario tener el taxid que nos interesa. En este caso usaré el taxid de una familia de virus llamada Birnaviridae. Si seguimos este link, veremos que a la fecha existen 23 ensambles asociados […]

NCBI taxonomy ID and lineage

319 Jonathan Maldonado

30 de junio de 2021 at 17:59 (last edited 29 de julio de 2022 at 14:11)

¿Necesitas obtener el taxid de una o varias secuencias de NCBI y/o necesitas conocer su linage completo (taxonomía de siete niveles)? este es tu post. Primero es necesario tener una lista de IDs de las secuencias de NCBI que te interesan. Supondré que el listado lo tienes en un archivo que se llama IDs.txt (típicamente […]

Qiime2-r16S: Guía de comandos (Vsearch)

200 Jonathan Maldonado

7 de mayo de 2021 at 17:18 (last edited 15 de junio de 2025 at 20:24)

Tienes secuencias unidas (joined or extended, MrDNA, BGI) provenientes de reads forward y reverse de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. […]

Qiime2-r16S: Guía de comandos (Dada2)

190 Jonathan Maldonado

7 de mayo de 2021 at 12:58 (last edited 31 de mayo de 2026 at 15:39)

SITUACIÓN DONDE ESTA GUÍA ES ÚTIL: Tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Dada2 en Qiime2. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones de […]

Qiime2-ITS: Guía de comandos (Dada2)

132 Jonathan Maldonado

30 de abril de 2021 at 15:55 (last edited 15 de junio de 2025 at 20:22)

SITUACIÓN DONDE ESTA GUÍA ES ÚTIL: Tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones ITS (ITS metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Dada2 en Qiime2. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones r16S, […]