qiime2 - MALDONADO LAB

Metagenoma Nanopore: Guía de comandos para análisis funcional

4 de septiembre de 2024 at 18:00 (last edited 5 de septiembre de 2024 at 20:06)

Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de funcionalidad. Esta guía también te sirve para secuencias llumina pues realizo una comparación de ambas técnicas.. No es una guía de conceptos y procedimientos Sólo son los comandos con algunas explicaciones útiles para quienes saben del tema o […]

Qiime2-r16S: Guía de comandos Nanopore (Vsearch)

620 Jonathan Maldonado

2 de septiembre de 2024 at 21:17 (last edited 15 de junio de 2025 at 20:22)

Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding) utilizando Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) […]

Setup de datos para STAMP

344 Jonathan Maldonado

6 de julio de 2021 at 19:50 (last edited 6 de julio de 2021 at 23:20)

Quienes conocen STAMP saben lo útil que es para analizar datos de microbioma y similares. Lamentablemente no es muy popular debido a que no es fácil preparar el input de datos. Acá escribiré mis consejos para preparar el input y para usar STAMP. Requisitos Debes tener un Excel con la tabla de abundancia y taxonomía […]

Procesar .fasta .qual .fastq y obtener un archivo por cada ID

334 Jonathan Maldonado

1 de julio de 2021 at 17:46 (last edited 29 de mayo de 2026 at 00:15)

Algunos TIPs para procesamiento de secuencias Mezclar .fasta y .qual en un archivo .fastq Separar fastq en .fasta y .qual Separar .fastq en varios archivos .fastq según IDs únicos paso3 paso4

Qiime2-r16S: Guía de comandos (Vsearch)

200 Jonathan Maldonado

7 de mayo de 2021 at 17:18 (last edited 15 de junio de 2025 at 20:24)

Tienes secuencias unidas (joined or extended, MrDNA, BGI) provenientes de reads forward y reverse de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. […]

Qiime2-r16S: Guía de comandos (Dada2)

190 Jonathan Maldonado

7 de mayo de 2021 at 12:58 (last edited 31 de mayo de 2026 at 15:39)

SITUACIÓN DONDE ESTA GUÍA ES ÚTIL: Tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Dada2 en Qiime2. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones de […]

Qiime2-ITS: Guía de comandos (Dada2)

132 Jonathan Maldonado

30 de abril de 2021 at 15:55 (last edited 15 de junio de 2025 at 20:22)

SITUACIÓN DONDE ESTA GUÍA ES ÚTIL: Tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones ITS (ITS metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Dada2 en Qiime2. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones r16S, […]