Un espacio para Ciencia y Bioinformática
Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de funcionalidad. Esta guía también te sirve para secuencias llumina pues realizo una comparación de ambas técnicas.. No es una guía de conceptos y procedimientos Sólo son los comandos con algunas explicaciones útiles para quienes saben del tema o […]
Tienes secuencias provenientes de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding) utilizando Nanopore, esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) […]
El pipeline completo no corre pues no logra instalar racon y pilon de forma automática. El problema: en mi sistema base no está instalado cmake el cual además debe ser v3.2 o superior.Solución: instalar cmake 3.2 apt-get install software-properties-commonadd-apt-repository ppa:george-edison55/cmake-3.xapt-get updateapt-get install cmake
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