assembly - MALDONADO LAB

Problema de Racon y Pilon en Docker ont-assembly-polish

23 de abril de 2021 at 22:02 (last edited 23 de abril de 2021 at 22:07)

El pipeline completo no corre pues no logra instalar racon y pilon de forma automática. El problema: en mi sistema base no está instalado cmake el cual además debe ser v3.2 o superior.Solución: instalar cmake 3.2 apt-get install software-properties-commonadd-apt-repository ppa:george-edison55/cmake-3.xapt-get updateapt-get install cmake

Gráfico circular de genoma usando DNAplotter

55 Jonathan Maldonado

1 de diciembre de 2020 at 19:57 (last edited 22 de octubre de 2021 at 21:06)

¿Tienes un ensamble de genoma bacteriano y te gustaría representarlo como un genoma circular? Yo he utilizado DNAplotter, una herramienta java (multiplataforma) del Instituto Sanger bastante versátil y potente. I. Pasos previos alternativos: Si el genoma está fragmentado recomiendo ordenarlo por sesgo de GC y por tamaño de los scaffolds siguiendo el siguiente pipeline: En […]

Ensamble de secuencias Nanopore y "pulido" utilizando secuencias Illumina.

27 Jonathan Maldonado

4 de septiembre de 2020 at 18:14