El pipeline completo no corre pues no logra instalar racon y pilon de forma automática.

El problema: en mi sistema base no está instalado cmake el cual además debe ser v3.2 o superior.
Solución: instalar cmake 3.2

apt-get install software-properties-common
add-apt-repository ppa:george-edison55/cmake-3.x
apt-get update
apt-get install cmake