Algunos TIPs para procesamiento de secuencias

Mezclar .fasta y .qual en un archivo .fastq

fasta-qual_to_fastq.pl file.fa file.qual > file.fastq

Separar fastq en .fasta y .qual

Opción 1) Instalar BioPython, descargar y ejecutar el siguiente script:

python fastq_to_fasta-qual.py file.fastq

Opción 2) Usar Mr DNA's wrapper

Opción 3) Usar el script de Qiime (entrega el mismo output que el pipeline de Mr. DNA)

Separar .fastq en varios archivos .fastq según IDs únicos

# obtener lista de IDs únicos desde fasta
grep '^>' file.fa | sed 's/^>//' | sort | uniq > file.ids

# obtener lista de IDs únicos desde fastq
awk 'NR%4==1' file.fastq | sed 's/^@//' | sort | uniq > file.ids2

# para separar el archivo por IDs usaremos la suite BBMAP que se descarga en el siguiente sitio
https://sourceforge.net/projects/bbmap/

# Descargar y descomprimir
tar xfz BBMap_38.94.tar.gz

# Luego procedemos a crear un directorio donde irán nuestros archivos separados
# ejecutaremos dentro de ese directorio el comando
# se debe reemplazar la parte en negrita con el directorio donde se descomprimió BBMAP
mkdir demuxed
cd demuxed
/mnt/sdb1/jomaldon/MrDNA.202001/r16S/bbmap/demuxbyname.sh in=../file.fastq out=%.fastq.gz names=../file.ids

paso3

paso4