efetch - MALDONADO LAB

NCBI taxonomy ID (any level) to genomes (assemblies)

29 de julio de 2022 at 14:14 (last edited 29 de julio de 2022 at 14:15)

¿Necesitas obtener los genomas (ensambles) de todas las especies asociadas a algún taxid (cualquier nivel taxonómico)?, este es tu post. Primero es necesario tener el taxid que nos interesa. En este caso usaré el taxid de una familia de virus llamada Birnaviridae. Si seguimos este link, veremos que a la fecha existen 23 ensambles asociados […]

NCBI taxonomy ID and lineage

319 Jonathan Maldonado

30 de junio de 2021 at 17:59 (last edited 29 de julio de 2022 at 14:11)

¿Necesitas obtener el taxid de una o varias secuencias de NCBI y/o necesitas conocer su linage completo (taxonomía de siete niveles)? este es tu post. Primero es necesario tener una lista de IDs de las secuencias de NCBI que te interesan. Supondré que el listado lo tienes en un archivo que se llama IDs.txt (típicamente […]