R / RStudio comandos útiles

Lista de comandos salvadores

Información de sesión
sessionInfo()

Listar paths de librerías
.libPaths()

Librería del usuario
Sys.getenv("R_LIBS_USER")

Listado de paquetes instalados y sus ubicaciones
p <- available.packages()
i <- installed.packages() # good
View(p)

Actualización de paquetes Bioconductor
BiocManager::install()
Recomiendo primero instalar todo "a". Algunos paquetes arrojarán error por lo cual en una segunda oportunidad se vuelve a ejeutar el comando pero seleccionas los paquetes a instalar "s" en grupos de 2 a 5 por vez.

Lista de repositorios Bioconductor
getOptions("repos")

Desbloquear 00LOCK
install.packages("pacman")
library(pacman)
p_unlock()

Instalar un paquete usando GitHub (ejemplo qiime2R)
install.packages("remotes")
remotes::install_github("jbisanz/qiime2R")

Unload a lybrary or package
detach("package:vegan", unload=TRUE)

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