Estos son mis TIPs para situaciones de alineamiento múltiple de secuencias

Orientación de secuencias

Algo extremadamente impotante a la hora de realizar un alineamiento múltiple es que todas las secuencias estén en la misma orientación. Cuando son 2 a 3 secuencias, la dirección se puede "ajustar" de forma manual mediante un alineamiento con blast (align2seqs) y luego "reverso complementando" la secuencia que esté en el sentido incorrecto. Cuando son muchas secuencias, la forma más rápida es unas una función del alineador mafft.

# forma general (suficiente)
mafft --adjustdirection seqs.fasta  > seqs_adjusted.fasta

# forma mas precisa pero lenta 
mafft --adjustdirectionaccurately seqs.fasta  > seqs_adjusted.fasta

De esta forma, todas las secuencias del archivo seqs.fasta serán comparadas y orientadas en una misma dirección guardando el resultado en un nuevo archivo llamado seqs_adjusted.fasta. Las secuencias cuya dirección fue cambiada quedarán con el prefijo _R_.

Programas

Mega X: Alineamientos y la construcción de árboles.

Dendroscope: Edición de árboles