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Tienes secuencias unidas (joined or extended, MrDNA, BGI) provenientes de reads forward y reverse de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Vsearch en Qiime2. Esta guía también te sirve para secuencias ITS pero cambiando la base de datos de referencia. […]
SITUACIÓN DONDE ESTA GUÍA ES ÚTIL: Tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones r16S (r16S metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Dada2 en Qiime2. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones de […]
Cada herramienta que recomiendo en este post tiene su propio sitio web con explicaciones de instalación y uso, asi que sólo me remitiré a dar lainformación general con algunos comandos de ejemplos y Uds podrás revisar los links para los detalles. seqtk Permite convertir FASTQ a FASTA, reverso complementar, extraer secuencias usando archivo con IDs, […]
SITUACIÓN DONDE ESTA GUÍA ES ÚTIL: Tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones ITS (ITS metabarcoding), esta guía te servirá para realizar un análisis de taxonomía usando el protocolo Dada2 en Qiime2. Si tienes reads forward y reverse limpios (sin adaptadores) de una secuenciación masiva de amplicones r16S, […]
Al añadir una entrada o página en tu sitio de WordPress y escribir un doble guión (--) en la página definitiva se ve como un guión largo (–), acá la solución. Este comportamiento se debe a una característica automática de WordPress llamada wptexturize, la cual transforma algunas símbolos de forma automática. (mas info acá). La […]
Es posible tener Linux en Windows gracias a un "subsistema" desarrollado por Windows denominado WSL. Esto significa que, mientras estás usando Windows, podrás ejecutar una terminal de comandos de Linux integrada a Windows. De esta forma, podrás ejecutar comandos de Linux e incluso programas con interfaz gráfica cómodamente en Windows, accediendo a tus archivos de […]
Al levantar una interfáz gráfica de Linux en Windows (sistema WSL) usando Xming como intérprete, podrías tener un problema para escribir caracteres en español latino pero encontré la solución. Para que las aplicaciones con gráfico reconozcan el teclado español latino se debe editar la línea de ejecución de xming que en mi caso está en […]
Si tienes instalada alguna distribución de Linux en Windows10 usando WSL1 o WSL2, o si te has conectado a una máquina remota mediante SSH con la opción -X, podrás abrir cualquier interfáz gráfica sólo si instalas un intérprete de X11 para Windows como Xming o VcXsrv y configuras algunas opciones en tu ventana de Linux […]
Edirect es un conjunto de herrramientas proporcionadas por NCBI para hacer mas fácil la descarga de secuenciasy todo tipo de indormación desde NCBI. Una de las que más uso es efetch, un wrapper que permite descargas secuencias usando el GenBank number o cualquier tipo de código que identifique una seccuencia. Download and install EDirect following […]
Necesitas saber dónde están las librerías de R o tienes problemas al instalar paquetes... acá algunos trucos Para conocer la ubicación de las librerías usar este comando installed.packages()[, c("Package", "LibPath")] Problemas de permisos al instalar paquetes en Windows o Linux Para un correcto manejo de las librerías de R en Windows recomiendo dar permisos totales […]
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