Un espacio para Ciencia y Bioinformática
Quienes conocen STAMP saben lo útil que es para analizar datos de microbioma y similares. Lamentablemente no es muy popular debido a que no es fácil preparar el input de datos. Acá escribiré mis consejos para preparar el input y para usar STAMP. Requisitos Debes tener un Excel con la tabla de abundancia y taxonomía […]
Mi lista de trucos para Excel la encontrás en mi github acá.
Lista de comandos salvadores Información de sesiónsessionInfo() Listar paths de librerías.libPaths() Librería del usuarioSys.getenv("R_LIBS_USER") Listado de paquetes instalados y sus ubicacionesp <- available.packages()i <- installed.packages() # goodView(p) Actualización de paquetes BioconductorBiocManager::install()Recomiendo primero instalar todo "a". Algunos paquetes arrojarán error por lo cual en una segunda oportunidad se vuelve a ejeutar el comando pero seleccionas los […]
Algunos TIPs para procesamiento de secuencias Mezclar .fasta y .qual en un archivo .fastq Separar fastq en .fasta y .qual Separar .fastq en varios archivos .fastq según IDs únicos paso3 paso4
¿Necesitas obtener el taxid de una o varias secuencias de NCBI y/o necesitas conocer su linage completo (taxonomía de siete niveles)? este es tu post. Primero es necesario tener una lista de IDs de las secuencias de NCBI que te interesan. Supondré que el listado lo tienes en un archivo que se llama IDs.txt (típicamente […]
Ya sea para postular a proyectos de investigación donde se pide un presupuesto aproximado de los equipos adquir, o si sólo tienes curiosidad de cuánto cuesta algún equipo en pesos chilenos además de saber a quienes cotizarlo/comprarlo... acá te dejo un truco En Chile tenemos el sitio web https://www.mercadopublico.cl donde el gobierno exige que sean […]
En esta entrada iré añadiendo algunos atajos de teclado que uso habitualmente en Windows, Linux y/o en programas específicos. Win10: Move window between multiple monitorsWin_button + Shift + arrow left or right(https://en.wikipedia.org/wiki/Table_of_keyboard_shortcuts) Restart Windows10 graphic driverCtrl + Shift + Win_button + B(https://www.windowscentral.com/best-windows-10-keyboard-shortcuts) Linux terminal: Vim (command line text editor):
Alguna vez has querido registrar en el tiempo el uso de RAM mientras ejecutas algún programa, encontré la forma. Crea el siguiente archivo bash memlog.sh #!/bin/bash -e#echo " date time free total"#echo " date time free available"while true; do#echo "$(date '+%Y-%m-%d %H:%M:%S') $(free -m | grep buffers | sed 's/-\/+ buffers\/cache://g')"echo "$(date '+%Y-%m-%d %H:%M:%S') $(free […]
En nuestro laboratorio usamos un instrumento de medición y registro de temperatura y humedad del tamaño de una pila de reloj, los Button. La fecha y hora de cada registro es administrada en el formato timestamp en codificación Unix o POSIX pero ¿cómo transformo este timestamp a fecha y hora "humana"? Solución 1: Caso puntual […]
Esta es una recopilación de los comandos que acostumbro a usar al momento de hacer una búsqueda por homología con BLAST. Los ejemplos están hechos en base a un blastn (nucleotídos contra nucleótidos) pero pueden ser adaptados a otros tipos de BLAST según el requerimiento. 1. Instalar BLAST en Ubuntu (o en Windows con WSL […]
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