Un espacio para Ciencia y Bioinformática
Algunos TIPs para procesamiento de secuencias Mezclar .fasta y .qual en un archivo .fastq Separar fastq en .fasta y .qual Separar .fastq en varios archivos .fastq según IDs únicos paso3 paso4
¿Necesitas obtener el taxid de una o varias secuencias de NCBI y/o necesitas conocer su linage completo (taxonomía de siete niveles)? este es tu post. Primero es necesario tener una lista de IDs de las secuencias de NCBI que te interesan. Supondré que el listado lo tienes en un archivo que se llama IDs.txt (típicamente […]
En esta entrada iré añadiendo algunos atajos de teclado que uso habitualmente en Windows, Linux y/o en programas específicos. Win10: Move window between multiple monitorsWin_button + Shift + arrow left or right(https://en.wikipedia.org/wiki/Table_of_keyboard_shortcuts) Restart Windows10 graphic driverCtrl + Shift + Win_button + B(https://www.windowscentral.com/best-windows-10-keyboard-shortcuts) Linux terminal: Vim (command line text editor):
Alguna vez has querido registrar en el tiempo el uso de RAM mientras ejecutas algún programa, encontré la forma. Crea el siguiente archivo bash memlog.sh #!/bin/bash -e#echo " date time free total"#echo " date time free available"while true; do#echo "$(date '+%Y-%m-%d %H:%M:%S') $(free -m | grep buffers | sed 's/-\/+ buffers\/cache://g')"echo "$(date '+%Y-%m-%d %H:%M:%S') $(free […]
En nuestro laboratorio usamos un instrumento de medición y registro de temperatura y humedad del tamaño de una pila de reloj, los Button. La fecha y hora de cada registro es administrada en el formato timestamp en codificación Unix o POSIX pero ¿cómo transformo este timestamp a fecha y hora "humana"? Solución 1: Caso puntual […]
Esta es una recopilación de los comandos que acostumbro a usar al momento de hacer una búsqueda por homología con BLAST. Los ejemplos están hechos en base a un blastn (nucleotídos contra nucleótidos) pero pueden ser adaptados a otros tipos de BLAST según el requerimiento. 1. Instalar BLAST en Ubuntu (o en Windows con WSL […]
Cada herramienta que recomiendo en este post tiene su propio sitio web con explicaciones de instalación y uso, asi que sólo me remitiré a dar lainformación general con algunos comandos de ejemplos y Uds podrás revisar los links para los detalles. seqtk Permite convertir FASTQ a FASTA, reverso complementar, extraer secuencias usando archivo con IDs, […]
Al añadir una entrada o página en tu sitio de WordPress y escribir un doble guión (--) en la página definitiva se ve como un guión largo (–), acá la solución. Este comportamiento se debe a una característica automática de WordPress llamada wptexturize, la cual transforma algunas símbolos de forma automática. (mas info acá). La […]
Al levantar una interfáz gráfica de Linux en Windows (sistema WSL) usando Xming como intérprete, podrías tener un problema para escribir caracteres en español latino pero encontré la solución. Para que las aplicaciones con gráfico reconozcan el teclado español latino se debe editar la línea de ejecución de xming que en mi caso está en […]
Si tienes instalada alguna distribución de Linux en Windows10 usando WSL1 o WSL2, o si te has conectado a una máquina remota mediante SSH con la opción -X, podrás abrir cualquier interfáz gráfica sólo si instalas un intérprete de X11 para Windows como Xming o VcXsrv y configuras algunas opciones en tu ventana de Linux […]
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